Οδικώς με Ι.Χ. αυτοκίνητο.
Η περιοχή του υγροτόπου Κερκίνης απέχει 40km από τις Σέρρες λιγότερο από 100km από τη Θεσσαλονίκη και 664km από την Αθήνα. Μπορείτε να φθάσετε μέσω της εθνικής οδού Θες/νίκης-Κιλκίς και συνεχίζετε την πορεία σας μέχρι τη διασταύρωση του χωριού Κερκίνη.
Πιο εύκολη είναι η πρόσβαση από την εθνική οδό Σερρών-Θες/νίκης όπου στη διασταύρωση Στρυμονικού ακολουθείτε την οδό για το χωριό Λιθότοπος όπου και βρίσκεται το φράγμα της λίμνης. Από την παρόχθια οδό (μαγευτική διαδρομή) φθάνετε στον τόπο μας.  
Η συνολική οδική περίμετρος της λίμνης είναι περίπου 60km.

Με λεωφορείο των ΚΤΕΛ
Εύκολη και βολική είναι η πρόσβαση με λεωφορείο των ΚΤΕΛ.
Καθημερινά υπάρχουν 3-4 δρομολόγια από τη Θες/νίκη για τις περιοχές Ηράκλειας και Σιδηροκάστρου, ενώ από τις Σέρρες μέχρι το μεσημέρι έχει τακτική συγκοινωνία.

Με τρένο
Η πρόσβαση με τρένο είναι ικανοποιητική και ίσως η καλύτερη, λόγω του φθηνού εισιτηρίου και των πολλών στάσεων στον υγρότοπο. Σε συνδυασμό με τα γραφεία ενοικιάσεως αυτοκινήτων στο Σιδηρόκαστρο, Σέρρες ή στη Θεσσαλονίκη αποτελεί την καλύτερη ίσως λύση για όσους θέλουν να αποφύγουν το ταξίδι με το ιδιωτικό τους αυτοκίνητο.